★01開かれた扉
16歳の誕生日を翌日に控えた少年ジョウ・マヤは、火星開拓基地で働くマツオの息子だ。犯罪者として強制労働に就くマツオと共に、幼い頃に火星にやって来たジョウは、故郷である地球の事を微かにしか覚えていない。地球に憧れつつも、成人として火星に生きていく将来の選択を迫られ、荒れるジョウ。乱闘の末に警察官に追われ、荒野に逃れた彼が目撃したのは、ロボット兵器で戦う異星人の姿だった。潜り込んだ異星人の宇宙船の中で、思わず一体のロボット・黒獅子に乗り込んでしまうジョウ。なぜかジョウの思うがままに操縦された黒獅子は、突如現れた謎のロボット・飛影と合体し、襲い来る敵に勝利する。
★02未知との出会い
火星開拓基地のハザード長官は己の欲望の為、異星人とのコンタクトを望むが、ジョウは仲介を断った。またも来襲した異星人ザブーム軍とジョウの黒獅子が戦う中、ハザードはもう一方の異星人の女性を捕まえてしまう。
★03傷だらけの姫君
捕らわれた女性は、ラドリオ星のロミナ姫であった。ハザードは武力の提供を交換条件に、ロミナをザブーム軍司令官グラサンに引き渡そうとするが。だが、父の反対を押し切って乗り込んできたジョウがロミナを奪回する。
★04伝説の忍者
ジョウと幼馴染みであるレニー、彼女の親達がハザードに捕まった。ラドリオ星を救うため、地球で忍者を捜す目的のロミナ達を案内する条件で協力を求め、ジョウ達は親達を奪回。レニーもロボット鳳雷鷹のパイロットとなる。
★05極冠、新たなる試煉
火星の極冠には最初の開拓者達が住んでいる。長老の知識を求めて、エルシャンクは極冠を訪れるが、ジョウが捕まってしまう。襲い来るハザード軍を撃退した事で疑いは晴れたが、忍者の情報を得る事はできなかった。
★06戦いのブリザード
極冠でジョウと知り合ったダミアンの仲介があっても、エルシャンクを受け入れてもらう事はできなかった・開拓者の村を護って戦うジョウ達の姿にダミアンが仲間に加わり、長老達は補充部品を提供するのだった。
★07勇者達の掟
マツオ達を極冠に残し、エルシャンクは火星を脱出した。ジョウが操縦する小型艇を囮{おとり}とするが、イルボラは地球人を信用できずにいた。だが、降伏せずに行き抜く事を誓ったロミナがジョウを信じ、一同は危機を脱する。
★08さまよえる戦士たち
ロミナはジョウ達が忍者ではないかと考えていたが、深層は彼ら自身にも分からない。地球連邦軍にハザードの事を訴えようとするが、電波妨害に妨害されるジョウ。一方、エルシャンクの中に謎の部屋が発見されていた。
★09別れの咆哮
極冠の村が攻撃され、ダミアンとレニーが小型艇で飛び出してしまう。イルボラの制止を振り切ったジョウとマイクはレニー達を救い、村へ駆けつけた。危機が去った後、ジョウは平穏な日々が失われた怒りを露わにしてしまう。
★10歩みよる魂
イルボラは、ロミナの信頼がジョウ達に向けられている事に気付きつつあった。ザブーム軍の包囲を突破する為、火薬を拾いに出たジョウ達を、正体を隠して襲うガメラン。溝を深めたまま、エルシャンクは火星を後にする。
★11悪魔の囁き
戦闘中、グラサンに誘い込まれるイルボラ。グラサンはイルボラに、３体のマシンと引き替えに裏切りを迫る。帰還したイルボラに疑いの目を向けるジョウ。再び敵襲が迫り来る中、イルボラのもとへグラサンの通信が届く。
★12訣別の時
廃棄ドックを見つけたエルシャンクは、修理を行っていた。だが、そのドックには敵が潜んでいた。先頭の最中、ロミナに銃を向けてしまうイルボラ。撃つ事はできなかったものの、遂にイルボラは艦を降りてしまう。
★13激流の運命
イルボラとガメランが出弄した事で、エルシャンクの艦内の空気は険悪なものになっていた。乗組員一同に白い目を向けられるジョウ達。なんでこうなっちまったのかな…ジョウは火星の出会いからこれまでの日々を回想する。
★14疑惑の断章
ロミナは心身の疲れを感じていた。シャフはイルボラが銃を向けた瞬間を目撃していたのだが、その事を黙っていようと決心する。ジョウ達はエルシャンク艦内に見つかった謎の部屋の事が気になるのだが…。
★15故郷、遙か遠く
ガメランが一人で帰還し、ジョウ達の孤立は更に深まっていた。グラサンからの通信で既にラドリオ星が滅んだ事を明かされ、艦内に動揺が走る。敵襲にも戦う気力が起きない乗組員達を、ジョウは必死に叱咤する。
★16望まれぬ帰還
地球に向かうエルシャンク。だが、グラサンが月に攻撃を加え、防衛軍を脅していた。到着したジョウ達がハザードの陰謀を訴えるが、聞いてもらえない。ジョウとダミアンは月都市に潜入するが、そこには罠が待ち受けていた。
★17断ち消えぬ友情
ジョウはレニー、ダミアンと共に月都市へ出かけた。そこでジョウは幼馴染みのローニンを見かけたが、無視されてしまう。そのローニンはハザードの報告の正誤を確認しようとした為、ザブームに狙われていた。
★18誇り高き戦士
食料が底を着き、買い出しに出かけたジョウは、月都市で不良に絡まれていた老人を助ける。だが、その老人は月防衛軍の軍人であった。食料調達にも失敗し、エルシャンクは老人の指揮する防衛軍の攻撃に晒される。
★19立ちはだかる者
ハザードとグラサンは月都市への攻撃を巡って衝突していた。そんな中、イルボラがロミナの生命を助ける条件に、エルシャンク攻撃の役を買って出た。敵として現れたイルボラの姿にロミナ達は衝撃を受ける。
★20焦燥の果てに
ガメランはイルボラのもとへ寝返ろうとするが、受け入れてもらえなかった。悲しみの果てに、ロミナは自ら戦場に出てしまう。イルボラに功を奪われる事を焦ったグラサンはロミナを襲うが、飛影の前に撃墜されるのだった。
★21震撼する宇宙
ガメランは一部の部下と共にエルシャンクを脱走するが、イルボラに攻撃されてしまう。ロミナの頼みで救出するジョウ。一方、ザブームの皇帝アネックスが地球圏に現れ、イルボラをグラサンに代わる司令官に任命した。
★22希望への脱出
戦闘中、撃墜された月防衛軍のゴロー少佐がジョウに助けられ、エルシャンクに収容された。ジョウに説得され、ゴローは地球への航路誘導しようと申し出る。だが、それはごろゴローの恋人を人質に取ったハザードの陰謀であった。
★23印された道標
地球科学局長官が知っていた忍者伝説の情報が、ローニンから寄せられた。それによると、５００年前にエルシャンクに似た宇宙船が数人の忍者を連れ去ったという。一方、ハザードは地球と皇帝双方に恩を売る陰謀を企てていた。
★24舞い降りた翼
エルシャンクは防衛網を突破し、地球に降下した。しかも、ローニンの父の尽力もあり、北アメリカエリアが受け入れを表明する。だが、イルボラは飛影に匹敵する力を持つ忍者ロボット・零影と合体して、エルシャンクを脅かす。
★25束の間の出会い
ダミアンがザブーム軍から助けた女性は地球連邦情報局のカレンと名乗った。ローニンからのメッセージを伝えるカレン。疑いの目が向けられる中、ダミアンは信じようとするのだが、カレンはザブーム軍のスパイであった。
★26大いなる胎動
地球とエルシャンクが交渉の場を持つ事になり、シャフがロミナの身代わりとして臨んだ。だが、要求は総て拒絶され、イルボラが襲ってくる。海魔が零影に敗れた時、ジョウの身体は飛影と合身、恐るべき力を発揮していた。
★27変わりゆく風
忍者を捜したいロミナと、地球を戦火に晒したくないジョウの意見が衝突し、ジョウ達はエルシャンクを降りてしまう。だが、ローニンを人質に取られた事でジョウがハザードに捕まってしまい、ロミナは救出を決意する。
★28新たなる目覚め
レニーとマイクの仲を勘違いするジョウ。一方、アネックスはエルシャンクに協力する北アメリカを攻撃する。街を護ろうとするエルシャンク。飛影は零影に苦戦させられるが、ダミアンが黒獅子を動かし、獣魔となって退けた。
★29忘れられた17歳
レニーの誕生日が来るが、ジョウは女の事を考えている場合じゃない…と気を遣わない。その為、レニーか飛び出し、ジョウとマイクは喧嘩になってしまう。更に、エルシャンクの艦内にはイルボラが侵入してきていた。
★30閉ざされた伝説
エルシャンクとザブーム軍は、それぞれ忍者を求めて、日本の伊賀を目指す。そこではハザードと手を組んでいた忍者がジョウ達に襲い掛かってくる。だが、そんな忍者も本物ではなく、観光用のものでしかなかった。
★31それぞれの惑い
忍者がいなかった事に落ち込むロミナ。ジョウを挟んでレニーと対立してしまう。本格的に地球を支配する事を決意するアネックス。戦闘の中、イルボラは飛影がどこからやってくるのかを、レーダーで捕捉しようと考える。
★32果てしなき苦闘
ロンドンとサンパウロが、ザブームの攻撃で壊滅した。エルシャンクを引き渡さねば、次はニューヨークが襲われる。３億人の命を守る為、親友であるジョウと戦う道を選ぶローニン。エルシャンクは北アメリカを後にする。
★33たった一人の暴走
エルシャンクは燃料不足でオーストラリアに墜落してしまう。街では伝染病が蔓延しているが、ザブームの攻撃でワクチンは届かない。ジョウは苦しむ子供を救う為、代用品の燃料を交換条件に、単身ワクチンを取りに行く。
★34女忍者・紅影
ローニンは身分を隠して燃料のキルハシウムを強奪、ジョウ達のもとへ届けようとしていた。連絡を受け、迎えに行くジョウ。だが、現れたローニンは偽者であった。ザブーム軍のくのいち軍団が、ジョウたちに襲い掛かる。
★35細やかな亀裂
エルシャンクは大気圏を脱出した。こちらからザブーム軍に仕掛けようというのだ。キルハシウム運搬を妨害できなかったシャルムに代わって、迎撃の指揮を執るイルボラ。ジョウ達の作戦はイルボラに見抜かれていた。
★36崩された威信
レニーとロミナが互いのジョウへの気持ちを確認した事で、わだかまりは無くなった。その頃、アネックスがザブーム星に帰還する事になった。エルシャンクは敵の裏をかき、マイクロワーム航法でエクセレントに奇襲を掛ける。
★37迫り来る野望
地球の世論はエルシャンク支持に傾き、連邦政府は共闘を申し込んできた。だが、それはエルシャンクを弾よけに使おうという身勝手な策であったのだ。それでも、ジョウ達はザブーム軍に襲われたニューヨークを守って戦う。
★38果たされた和睦
ローニンの説得により、地球連邦政府は考えを改めつつあった。一方、情勢不利と見たハザードは火星を独立させて勢力基盤を固める為、帰還しようと考える。地球と火星のどちらを守るか…ジョウの脳裏にはある奇策があった。
★39決死の攻防戦
飛影との合体は、ジョウの肉体に大きな負担を掛けていた、そして、シャルムはエクセレントをニューヨークに降下させ、言い後の決戦を目論む。戦いはエクセレント内部へ及び、イルボラとジョウは動力炉で対決の時を迎える。
★40侵略の終焉
飛影と零影の戦い決着が着かなかった。動力炉に損傷を受けたエクセレントを倒す為、連邦軍も総攻撃を仕掛ける。ジョウを救う為、エクセレントに突入するエルシャンク。内部で目覚めたジョウは動力炉に爆弾をセットする。
★41もうひとつの扉
エクセレントの爆発で、アネックスもシャルムも倒れた。だが、行方不明のジョウとイルボラはハザードに拾われていた。二人は脱出し、飛影と零影がエルシャンクの甲板上で対決する。その時、ついに忍者伝説は蘇ったー！
★42彼方よりの軌跡 総集編・前編
イルボラの裏切りまで。ハザードがナレーション。
★43見果てぬ銀河 総集編・後編
エンディングまで。ハザードがナレーション。